Когато използваме пептиди, често срещаме показателите за чистота на пептида и съдържание на пептид. Много хора може да се чудят защо чистотата на пептида им е 95%, а съдържанието на пептид е само 80%. Това е така, защото това са две напълно различни понятия.
Чистота на пептида: Чистотата на пептида се отнася до количеството на целевия пептид, открит при 214 nm (214 nm е дължината на вълната на абсорбция на пептидната верига) с помощта на HPLC анализ.
Съдържание на пептиди: Това се отнася до процента на пептидите спрямо не-пептидните вещества в проба.
Чистотата на пептида се отнася до съдържанието на целевия пептид, открито чрез HPLC при 214 nm (214 nm е дължината на вълната на абсорбция на пептидната верига). Освен целевия пептид, HPLC може да открие примеси, включително: изтрити последователности (целеви последователности, в които липсват един или повече аминокиселинни остатъци), съкратени последователности (последователности, генерирани по време на защита) и непълно премахнати последователности (резултат в процеса на синтез или окончателния процес на разцепване). HPLC обаче не може да открие вода и остатъчни соли като трифлуороацетат (TFA) и ацетат. По време на пептидния синтез, пептидната последователност се разцепва от смолата с помощта на TFA и малко количество TFA също се генерира по време на пречистването. Следователно свободният амино край и други странични вериги на пептида, като Arg, Lys и His, могат да генерират малки количества TFA примеси. Друг проблем е влагата. Пептидите обикновено се дехидратират чрез лиофилизация, но дори и така водата ще съществува в различна степен в зависимост от капацитета на ковалентно свързване. Следователно доставените пептиди обикновено съдържат TFA соли и следи от вода, които са неоткриваеми от HPLC, което води до разлики в съдържанието и чистотата на пептида.
